В свое время экспериментировал с движком DLE, и так как это были эксперименты использовал “null” версию этого движка, ну и как следствие использования неофициальных версий постоянная борьба с шеллами и уязвимостями, которые появлялись не только по недоработке разработчиков, но и с легкой руки нуллеров.

Вот некоторые из моих потугов по этому поводу:
Как сломать сайт на DLE
Уязвимости и взлом сайтов DLE
Как найти шелл(shell) на DLE ?
Взлом Сайтов DLE (критическая уязвимость, дыра) Как защититься от взлома?

Недавно нашел еще один способ Как найти шелл или другие уязвимости на своем сайте (не только на ДЛЕ).  Помогла мне :

Искалка хакерских скриптов на вашем хостинге [update]

(разработчик Григорий, автор блога greg.su)

Маленькая тузла ai-bolit указала на шелл, который я искал около года.

я хотел было скопировать скрипт шелла к себе на комп, ради исследования, но бдительный nod32 так и не дал мне это сделать. он упорно удалял и предупреждал все попытки скопировать файл. каждый раз предупреждая меня что это троянская программа PHP. Rst.ak

Вот что умеет  ai-bolit.php умеет

• искать ~40 разновидностей шеллов и дамперов
• определять зараженные index.php/index.html файлы IFRAME вирусами
• выдавать список директорий, открытых на запись скриптам

Порядок действий:

1. копируем ai-bolit.php в корень сайта

2. запускаем http://site.ru/ai-bolit.php

Результат примерно такой:

(скрин с оф. сайта)